Manajer Jurnal mengatur jurnal, setelah sistem diinstal di server web, dengan melakukan lima langkah, mengisi template dan mengatur manajemen jurnal. Setup tidak harus dilakukan dalam satu tahap saja: template dapat diisi dan disimpan; kemudian Manajer Jurnal dapat kembali untuk melengkapi tugas itu atau membuat perubahan kapan saja.

Setup tersedia untuk Manajer Jurnal dalam halaman Manajemen Jurnal, dan berisi satu set teks bantuan yang terdapat dalam masing-masing template. Menyetting web site jurnal akan membutuhkan keputusan dan teks untuk bagian-bagian berikut, diantaranya, yang dapat disiapkan sebelumnya dengan berkonsultasi pada editor atau menambah setelahnya.

• Kontak Utama
• Kontak Teknisi
• Ruang Lingkup dan Fokus Jurnal
• Pembagian dan Kebijakan Jurnal
• Syarat Naskah Untuk Penulis
• Pengindeksan Elemen dan Contoh yang Tepat
• Kebijakan Peer Review
• Petunjuk Untuk Reviewer
• Kebijakan Hak Cipta
• Kebijakan Akses Terbuka
• Papan Editorial/Papan Review
• Kebijakan Langganan
• Penggunaan Editor Layout, Copyeditor, dan/ atau Proofreader