OJS didesain sebagai sistem multi-jurnal, dan Administrator Situs bertanggung jawab untuk mengatur setting level situs dan membuat jurnal-jurnal baru dan dikumpulkan dalam situs tunggal. Situs-situs jurnal seluruhnya independen, kecuali akun pengguna; saat pengguna berpartisipasi dalam berbagai peran dan jurnal, alamat email yang sama dan nama pengguna akan mengacu kepada pengguna yang sama.

Informasi dasar dimasukkan oleh Administrator Situs yang bisa diaplikasikan ke seluruh jurnal hosted oleh situs tersebut, termasuk judul situs dan deskripsi, dan informasi kontak.

Journal Redirect. Pengaturan ini dapat digunakan untuk meyakinkan bahwa semua permintaan diarahkan/dikirimkan ulang ke website jurnal tertentu. Secara tipikal pengaturan ini digunakan saat sebuah situs menjadi host jurnal tunggal.

Saat OJS membolehkan nomor individual apapun dan website jurnal yang berbeda untuk diaktifkan, jurnal-jurnal baru dapat diciptakan dan diatur kapan saja. Tiap jurnal yang dibuat dapat diakses melalui URL khusus berdasarkan pada nama jalur yang dimasukkan pada administrator situs. Jurnal-jurnal yang saat ini dalam proses perancangan dan pengaturan dapat disembunyikan dari situs utama hingga saat mereka siap untuk dipublikasikan.

OJS dirancang untuk sistem multibahasa, yang memungkinkan jurnal-jurnal didukung oleh berbagai macam bahasa yang di-host didalam satu situs. Administrator situs dapat menspesifikasikan kesalahan bahasa pada situs dan menginstal bahasa tambahan, sehingga dengan tersedianya bahasa tersebut maka bahasa-bahasa yang lain juga tersedia untuk jurnal-jurnal.

Paket tambahan bahasa akan secara khusus tersedia untuk diunduh dari OJSwebsite menerima kontribusi pengguna untuk menerjemahkan. Paket ini dapat diinstal kedalam sistem agar dapat digunakan oleh jurnal.

Secara default, pengguna sumber-sumber pembuktian keaslian OJS dapat melawan database internalnya. Akan tetapi, juga memungkinkan menggunakan metode-metode sumber pembuktian lainnya seperti LDAP. sumber-sumber pembuktian keaslian tambahan diimplementasikan sebagi plugin OJS; mengacu pada dokumentasi yang terkirim pada tiap plugin untuk perincian.